Die mikrobiologische „Ausstattung“ der Abferkelbucht hat großen Einfluss auf die Gesundheit der Ferkel. Manche bereits in der Abferkelbucht erworbenen Infektionen zeigen sich auch erst nach dem Absetzen.

Der Verdauungstrakt von ungeborenen Ferkeln ist frei von Mikroorganismen. Erst während der Geburt beginnt die Besiedelung mit der für die weitere Entwicklung der Tiere so entscheidenden Darmflora. Obgleich im Abferkelabteil eine gründliche Reinigung und Desinfektion mit den notwendigen Einwirk- und Trockenzeiten heute Standard ist, kommt es immer wieder zu schweren Infektionen mit verschiedenen Krankheitserregern wie E. coli, Streptokokken oder Clostridien bei den Saugferkeln. Doch wo kommen diese Keime her? Zumeist bringt die Sau diese Krankheitserreger mit in die saubere Bucht. Die Sauen selbst erkranken in der Regel nicht, da ihre Darmflora stabil und das Immunsystem voll ausgereift ist. Je nach Infektionsdosis, Antikörperausstattung des Kolostrums und Vitalität der neugeborenen Ferkel können diese Erreger aber bereits bei den Saugferkeln für Erkrankungen sorgen.

Oder die Ferkel bringen die Erreger mit ins Flatdeck, wo es im Zuge der geschwächten Abwehrsituation zu Krankheitsausbrüchen kommen kann. Es gilt also bereits vor dem Einstallen der Sauen in die Abferkelbucht mit dem Hygienekonzept anzusetzen und in der Umgebung der Saugferkel pathogene Keime konsequent zu reduzieren (s. Darst.).

Nur der gezielte Einsatz der verschiedenen Maßnahmen einschließlich Reinigung und Desinfektion beugt Infektionen und Krankheiten vor.